Neben den Atemwegserkrankungen sind Durchfallerkrankungen eine häufig anzutreffende Erkrankung in schweinehaltenden Betrieben. Generell können Durchfallerkrankungen jede Altersgruppe betreffen. Somit ist ihre Kontrolle ein weiterer wichtiger wirtschaftlicher Faktor für den Erfolg des landwirtschaftlichen Betriebes. Dem Symptom Durchfall liegt, ein gemeinsamer Ursachenmechanismus zugrunde. Dies ist im Wesentlichen die Störung des Verhältnisses zwischen Wasseraufnahme und Wasserausscheidung, die sogenannte Malabsorption im Darmtrakt von Schweinen. Physiologisch enthält der Kot von Schweinen ca. 75% Wasser. Neben Nahrungswasser und Trinkwasser wird ca. die fünffache Menge durch Speichel und Magensaft in den Verdauungstrakt abgesondert. Diese Sekrete müssen zusammen mit dem oral aufgenommenen Wasser im Verdauungstrakt fast vollständig resorbiert und damit aufgenommen werden. Entsteht zwischen Abgabe in den Verdauungstrakt und Aufnahme aus dem Verdauungstrakt ein Ungleichgewicht kommt es zum Durchfall. Ursächlich für diese Störungen sind zum einen Behinderungen der Resorption (Malabsorption), beispielweise hervorgerufen durch die Zerstörung von Darmzotten. Andererseits kann auch eine vermehrte Sekretion in den Darm ursächlich sein, wie beispielweise beim Auftreten der Colidiarrhoe. Auch Futtermittel können Durchfälle hervorrufen, beispielsweise durch Verfütterung von ungewohnten oder nicht altersgemäßen Futtermitteln.